تنوع و واگرایی

برای هر نوع میانگین تعداد اختلافات زوجی بین کروموزوم های نمونه برداری شده از یک جمعیت واحد محاسبه کنید.

آلل آرایه را شمارش می کند.

پاسخ: array_like ، int ، شکل (n_variants ،) ، اختیاری

اعداد آللدر صورت عدم ارائه ، از AC محاسبه می شود.

پر کردن: شناور

از این مقدار استفاده کنید که هیچ جفتی برای مقایسه وجود ندارد (به عنوان مثال ، تمام تماس های آلل از دست رفته است).

مقادیر برگشتی توسط این عملکرد را می توان در یک منطقه ژنوم خلاصه کرد و براساس تعداد پایه های در دسترس برای برآورد تنوع نوکلئوتید ، a. k. a. pi تقسیم می شود.

برآورد تنوع نوکلئوتید در یک منطقه معین ، که نسبت متوسط سایتها (از جمله سایتهای مونومورفیک موجود در داده ها وجود ندارد) که بین جفت های انتخاب شده به طور تصادفی کروموزوم متفاوت است.

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

AC: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه را شمارش می کند.

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر). پیش فرض به موقعیت اول.

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه). پیش فرض به آخرین موقعیت.

is_accessible: array_like ، bool ، شکل (len (contig) ،) ، اختیاری

آرایه بولی که نشانگر وضعیت دسترسی برای همه موقعیت های موجود در کروموزوم/Contig است.

اگر شروع و/یا توقف ارائه نشده باشد ، از تفاوت بین موقعیت آخر و اول به عنوان پروکسی برای تعداد کل سایت ها استفاده می کند ، که می تواند تنوع توالی را بیش از حد ارزیابی کند.

آللwindowed_diversity (pos ، ac ، size = none ، start = none ، stop = none ، step = none ، windows = none ، is_accessible = none ، fill = nan) [منبع] ¶

برآورد تنوع نوکلئوتید در ویندوز بیش از یک کروموزوم/کانتینر واحد.

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

AC: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه را شمارش می کند.

اندازه: int ، اختیاری

اندازه پنجره (تعداد پایه ها).

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر).

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه).

مرحله: int ، اختیاری

فاصله بین موقعیت های شروع پنجره ها. اگر داده نشود ، به اندازه پنجره ، یعنی ویندوزهای غیر همپوشانی پیش فرض می شود.

ویندوز: array_like ، int ، شکل (n_windows ، 2) ، اختیاری

به صورت دستی ویندوز را برای استفاده به عنوان دنباله ای از موقعیت های (Window_start ، Window_stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر مشخص کنید. پارامترهای اندازه/شروع/توقف/مرحله را نادیده می گیرد.

is_accessible: array_like ، bool ، شکل (len (contig) ،) ، اختیاری

آرایه بولی که نشانگر وضعیت دسترسی برای همه موقعیت های موجود در کروموزوم/Contig است.

پر: شی ، اختیاری

مقدار استفاده در جایی که یک پنجره کاملاً غیرقابل دسترسی است.

تنوع نوکلئوتیدی در هر پنجره.

ویندوز: ndarray ، int ، شکل (n_windows ، 2)

ویندوز به عنوان آرایه ای از موقعیت های (Window_start ، Window_Stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر استفاده می شود.

n_bases: ndarray ، int ، شکل (n_windows ،)

تعداد پایه (در دسترس) در هر پنجره.

شمارش: ndarray ، int ، شکل (n_windows ،)

تعداد انواع مختلف در هر پنجره.

برای هر نوع ، میانگین تعداد اختلافات زوجی بین کروموزوم های نمونه برداری از دو جمعیت مختلف محاسبه کنید.

آلل آرایه ای را از جمعیت اول شمارش می کند.

AC2: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه ای را از جمعیت دوم شمارش می کند.

AN1: array_like ، int ، شکل (n_variants ،) ، اختیاری

تعداد آلل برای جمعیت اول. در صورت عدم ارائه ، از AC1 محاسبه می شود.

AN2: array_like ، int ، شکل (n_variants ،) ، اختیاری

تعداد آلل برای جمعیت دوم. در صورت عدم ارائه ، از AC2 محاسبه می شود.

پر کردن: شناور

از این مقدار استفاده کنید که هیچ جفتی برای مقایسه وجود ندارد (به عنوان مثال ، تمام تماس های آلل از دست رفته است).

مقادیر برگشتی توسط این عملکرد را می توان در یک منطقه ژنوم خلاصه کرد و براساس تعداد پایه های در دسترس برای برآورد واگرایی نوکلئوتید بین دو جمعیت ، A. K. A. DXY تقسیم شد.

برآورد واگرایی نوکلئوتید بین دو جمعیت در یک منطقه معین ، که میانگین نسبت سایتها (از جمله سایتهای مونومورفیک موجود در داده ها وجود ندارد) که بین جفت های انتخاب شده به طور تصادفی کروموزوم ، یکی از هر جمعیت متفاوت است.

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

AC1: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_allyes)

آلل تعداد آرایه را برای جمعیت اول شمارش می کند.

AC2: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه را برای جمعیت دوم شمارش می کند.

AN1: array_like ، int ، شکل (n_variants ،) ، اختیاری

تعداد آلل برای جمعیت اول. در صورت عدم ارائه ، از AC1 محاسبه می شود.

AN2: array_like ، int ، شکل (n_variants ،) ، اختیاری

تعداد آلل برای جمعیت دوم. در صورت عدم ارائه ، از AC2 محاسبه می شود.

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر). پیش فرض به موقعیت اول.

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه). پیش فرض به آخرین موقعیت.

is_accessible: array_like ، bool ، شکل (len (contig) ،) ، اختیاری

آرایه بولی که نشانگر وضعیت دسترسی برای همه موقعیت های موجود در کروموزوم/Contig است.

ساده ترین حالت، دو هاپلوتیپ در هر جمعیت:

آلل. windowed_divergence ( pos , ac1 , ac2 , size=none , start=none , stop=none , step=none , windows=none , is_accessible=none , fill=nan ) [منبع] ¶

تخمین واگرایی نوکلئوتیدی بین دو جمعیت در پنجره ها بر روی یک کروموزوم/پیوند.

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

AC1: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_allyes)

آلل تعداد آرایه را برای جمعیت اول شمارش می کند.

AC2: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه را برای جمعیت دوم شمارش می کند.

اندازه: int ، اختیاری

اندازه پنجره (تعداد پایه ها).

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر).

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه).

مرحله: int ، اختیاری

فاصله بین موقعیت های شروع پنجره ها. اگر داده نشود ، به اندازه پنجره ، یعنی ویندوزهای غیر همپوشانی پیش فرض می شود.

ویندوز: array_like ، int ، شکل (n_windows ، 2) ، اختیاری

به صورت دستی ویندوز را برای استفاده به عنوان دنباله ای از موقعیت های (Window_start ، Window_stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر مشخص کنید. پارامترهای اندازه/شروع/توقف/مرحله را نادیده می گیرد.

is_accessible: array_like ، bool ، شکل (len (contig) ،) ، اختیاری

آرایه بولی که نشانگر وضعیت دسترسی برای همه موقعیت های موجود در کروموزوم/Contig است.

پر: شی ، اختیاری

مقدار استفاده در جایی که یک پنجره کاملاً غیرقابل دسترسی است.

واگرایی نوکلئوتیدی در هر پنجره

ویندوز: ndarray ، int ، شکل (n_windows ، 2)

ویندوز به عنوان آرایه ای از موقعیت های (Window_start ، Window_Stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر استفاده می شود.

n_bases: ndarray ، int ، شکل (n_windows ،)

تعداد پایه (در دسترس) در هر پنجره.

شمارش: ndarray ، int ، شکل (n_windows ،)

تعداد انواع مختلف در هر پنجره.

ساده ترین حالت، دو هاپلوتیپ در هر جمعیت:

مقدار تخمینگر واترسون را بر روی یک منطقه معین محاسبه کنید.

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

AC: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه را شمارش می کند.

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر). پیش فرض به موقعیت اول.

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه). پیش فرض به آخرین موقعیت.

is_accessible: array_like ، bool ، شکل (len (contig) ،) ، اختیاری

آرایه بولی که نشانگر وضعیت دسترسی برای همه موقعیت های موجود در کروموزوم/Contig است.

برآوردگر واترسون (کلاه تتا در هر پایه).

آللwindowed_watterson_theta (pos ، ac ، size = none ، start = none ، stop = none ، step = none ، none ، none ، is_accessible = none ، fill = nan) [منبع] ¶

مقدار برآوردگر واترسون را در ویندوز بیش از یک کروموزوم/کانتینر محاسبه کنید.

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

AC: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه را شمارش می کند.

اندازه: int ، اختیاری

اندازه پنجره (تعداد پایه ها).

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر).

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه).

مرحله: int ، اختیاری

فاصله بین موقعیت های شروع پنجره ها. اگر داده نشود ، به اندازه پنجره ، یعنی ویندوزهای غیر همپوشانی پیش فرض می شود.

ویندوز: array_like ، int ، شکل (n_windows ، 2) ، اختیاری

به صورت دستی ویندوز را برای استفاده به عنوان دنباله ای از موقعیت های (Window_start ، Window_stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر مشخص کنید. پارامترهای اندازه/شروع/توقف/مرحله را نادیده می گیرد.

is_accessible: array_like ، bool ، شکل (len (contig) ،) ، اختیاری

آرایه بولی که نشانگر وضعیت دسترسی برای همه موقعیت های موجود در کروموزوم/Contig است.

پر: شی ، اختیاری

مقدار استفاده در جایی که یک پنجره کاملاً غیرقابل دسترسی است.

برآوردگر واترسون (کلاه تتا در هر پایه).

ویندوز: ndarray ، int ، شکل (n_windows ، 2)

ویندوز به عنوان آرایه ای از موقعیت های (Window_start ، Window_Stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر استفاده می شود.

n_bases: ndarray ، int ، شکل (n_windows ،)

تعداد پایه (در دسترس) در هر پنجره.

شمارش: ndarray ، int ، شکل (n_windows ،)

تعداد انواع مختلف در هر پنجره.

مقدار D تاجیما را در یک منطقه خاص محاسبه کنید.

آلل آرایه را شمارش می کند.

POS: array_like ، int ، شکل (n_items ،) ، اختیاری

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر). پیش فرض به موقعیت اول.

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه). پیش فرض به آخرین موقعیت.

min_sites: int ، اختیاری

حداقل تعداد سایت های تفکیک کننده که برای محاسبه یک مقدار برای آنها. اگر کمتر باشد ، NP. NAN بازگردانده می شود. پیش فرض به 3.

مقدار D Tajima را در ویندوز بر روی یک کروموزوم واحد/Contig محاسبه کنید.

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

AC: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه را شمارش می کند.

اندازه: int ، اختیاری

اندازه پنجره (تعداد پایه ها).

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر).

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه).

مرحله: int ، اختیاری

فاصله بین موقعیت های شروع پنجره ها. اگر داده نشود ، به اندازه پنجره ، یعنی ویندوزهای غیر همپوشانی پیش فرض می شود.

ویندوز: array_like ، int ، شکل (n_windows ، 2) ، اختیاری

به صورت دستی ویندوز را برای استفاده به عنوان دنباله ای از موقعیت های (Window_start ، Window_stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر مشخص کنید. پارامترهای اندازه/شروع/توقف/مرحله را نادیده می گیرد.

min_sites: int ، اختیاری

حداقل تعداد سایت های تفکیک کننده که برای محاسبه یک مقدار برای آنها. اگر کمتر باشد ، NP. NAN بازگردانده می شود. پیش فرض به 3.

ویندوز: ndarray ، int ، شکل (n_windows ، 2)

ویندوز به عنوان آرایه ای از موقعیت های (Window_start ، Window_Stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر استفاده می شود.

شمارش: ndarray ، int ، شکل (n_windows ،)

تعداد انواع مختلف در هر پنجره.

مقدار D تاجیما را در ویندوزهای متحرک با انواع اندازه محاسبه کنید.

آلل آرایه را شمارش می کند.

اندازه: int

اندازه پنجره (تعداد انواع).

شروع: int ، اختیاری

شاخصی که در آن شروع شود.

توقف: int ، اختیاری

شاخصی که در آن متوقف شود.

مرحله: int ، اختیاری

تعداد انواع بین موقعیت های شروع ویندوز. اگر داده نشود ، به اندازه پنجره ، یعنی ویندوزهای غیر همپوشانی پیش فرض می شود.

min_sites: int ، اختیاری

حداقل تعداد سایت های تفکیک کننده که برای محاسبه یک مقدار برای آنها. اگر کمتر باشد ، NP. NAN بازگردانده می شود. پیش فرض به 3.

چگالی اختلافات ثابت بین دو جمعیت در ویندوز را بر روی یک کروموزوم/کانتینژ واحد محاسبه کنید.

موقعیت های مختلف ، با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر ترتیب صعودی.

AC1: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_allyes)

آلل تعداد آرایه را برای جمعیت اول شمارش می کند.

AC2: array_like ، int ، شکل (n_variants ، n_Allyes)

آلل آرایه را برای جمعیت دوم شمارش می کند.

اندازه: int ، اختیاری

اندازه پنجره (تعداد پایه ها).

شروع: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن شروع شود (1 مبتنی بر).

توقف: int ، اختیاری

موقعیتی که در آن متوقف شود (1 پایه).

مرحله: int ، اختیاری

فاصله بین موقعیت های شروع پنجره ها. اگر داده نشود ، به اندازه پنجره ، یعنی ویندوزهای غیر همپوشانی پیش فرض می شود.

ویندوز: array_like ، int ، شکل (n_windows ، 2) ، اختیاری

به صورت دستی ویندوز را برای استفاده به عنوان دنباله ای از موقعیت های (Window_start ، Window_stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر مشخص کنید. پارامترهای اندازه/شروع/توقف/مرحله را نادیده می گیرد.

is_accessible: array_like ، bool ، شکل (len (contig) ،) ، اختیاری

آرایه بولی که نشانگر وضعیت دسترسی برای همه موقعیت های موجود در کروموزوم/Contig است.

پر: شی ، اختیاری

مقدار استفاده در جایی که یک پنجره کاملاً غیرقابل دسترسی است.

چگالی در هر پایه اختلافات ثابت در هر پنجره.

ویندوز: ndarray ، int ، شکل (n_windows ، 2)

ویندوز به عنوان آرایه ای از موقعیت های (Window_start ، Window_Stop) با استفاده از مختصات 1 مبتنی بر استفاده می شود.